"The transcriptional landscape of the mammalian genome."
Carninci P. , Kasukawa T. , Katayama S. , Gough J. , Frith M.C. , Maeda N. , Oyama R. , Ravasi T. , Lenhard B. , Wells C. , Kodzius R. , Shimokawa K. , Bajic V.B. , Brenner S.E. , Batalov S. , Forrest A.R. , Zavolan M. , Davis M.J. , Wilming L.G. , Aidinis V. , Allen J.E. , Ambesi-Impiombato A. , Apweiler R. , Aturaliya R.N. , Bailey T.L. , Bansal M. , Baxter L. , Beisel K.W. , Bersano T. , Bono H. , Chalk A.M. , Chiu K.P. , Choudhary V. , Christoffels A. , Clutterbuck D.R. , Crowe M.L. , Dalla E. , Dalrymple B.P. , de Bono B. , Della Gatta G. , di Bernardo D. , Down T. , Engstrom P. , Fagiolini M. , Faulkner G. , Fletcher C.F. , Fukushima T. , Furuno M. , Futaki S. , Gariboldi M. , Georgii-Hemming P. , Gingeras T.R. , Gojobori T. , Green R.E. , Gustincich S. , Harbers M. , Hayashi Y. , Hensch T.K. , Hirokawa N. , Hill D. , Huminiecki L. , Iacono M. , Ikeo K. , Iwama A. , Ishikawa T. , Jakt M. , Kanapin A. , Katoh M. , Kawasawa Y. , Kelso J. , Kitamura H. , Kitano H. , Kollias G. , Krishnan S.P. , Kruger A. , Kummerfeld S.K. , Kurochkin I.V. , Lareau L.F. , Lazarevic D. , Lipovich L. , Liu J. , Liuni S. , McWilliam S. , Madan Babu M. , Madera M. , Marchionni L. , Matsuda H. , Matsuzawa S. , Miki H. , Mignone F. , Miyake S. , Morris K. , Mottagui-Tabar S. , Mulder N. , Nakano N. , Nakauchi H. , Ng P. , Nilsson R. , Nishiguchi S. , Nishikawa S. , Nori F. , Ohara O. , Okazaki Y. , Orlando V. , Pang K.C. , Pavan W.J. , Pavesi G. , Pesole G. , Petrovsky N. , Piazza S. , Reed J. , Reid J.F. , Ring B.Z. , Ringwald M. , Rost B. , Ruan Y. , Salzberg S.L. , Sandelin A. , Schneider C. , Schoenbach C. , Sekiguchi K. , Semple C.A. , Seno S. , Sessa L. , Sheng Y. , Shibata Y. , Shimada H. , Shimada K. , Silva D. , Sinclair B. , Sperling S. , Stupka E. , Sugiura K. , Sultana R. , Takenaka Y. , Taki K. , Tammoja K. , Tan S.L. , Tang S. , Taylor M.S. , Tegner J. , Teichmann S.A. , Ueda H.R. , van Nimwegen E. , Verardo R. , Wei C.L. , Yagi K. , Yamanishi H. , Zabarovsky E. , Zhu S. , Zimmer A. , Hide W. , Bult C. , Grimmond S.M. , Teasdale R.D. , Liu E.T. , Brusic V. , Quackenbush J. , Wahlestedt C. , Mattick J.S. , Hume D.A. , Kai C. , Sasaki D. , Tomaru Y. , Fukuda S. , Kanamori-Katayama M. , Suzuki M. , Aoki J. , Arakawa T. , Iida J. , Imamura K. , Itoh M. , Kato T. , Kawaji H. , Kawagashira N. , Kawashima T. , Kojima M. , Kondo S. , Konno H. , Nakano K. , Ninomiya N. , Nishio T. , Okada M. , Plessy C. , Shibata K. , Shiraki T. , Suzuki S. , Tagami M. , Waki K. , Watahiki A. , Okamura-Oho Y. , Suzuki H. , Kawai J. , Hayashizaki Y. more...
Science309:1559-1563(2005) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"Lineage-specific biology revealed by a finished genome assembly of the mouse."
Church D.M. , Goodstadt L. , Hillier L.W. , Zody M.C. , Goldstein S. , She X. , Bult C.J. , Agarwala R. , Cherry J.L. , DiCuccio M. , Hlavina W. , Kapustin Y. , Meric P. , Maglott D. , Birtle Z. , Marques A.C. , Graves T. , Zhou S. , Teague B. , Potamousis K. , Churas C. , Place M. , Herschleb J. , Runnheim R. , Forrest D. , Amos-Landgraf J. , Schwartz D.C. , Cheng Z. , Lindblad-Toh K. , Eichler E.E. , Ponting C.P. more...
PLoS Biol.7:E1000112-E1000112(2009) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)."
The MGC Project Team
Genome Res.14:2121-2127(2004) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"Role of Tet proteins in 5mC to 5hmC conversion, ES-cell self-renewal and inner cell mass specification."
Ito S. , D'Alessio A.C. , Taranova O.V. , Hong K. , Sowers L.C. , Zhang Y.
Nature466:1129-1133(2010) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"The role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes."
Gu T.P. , Guo F. , Yang H. , Wu H.P. , Xu G.F. , Liu W. , Xie Z.G. , Shi L. , He X. , Jin S.G. , Iqbal K. , Shi Y.G. , Deng Z. , Szabo P.E. , Pfeifer G.P. , Li J. , Xu G.L.
Nature477:606-610(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"5-Hydroxymethylcytosine in the mammalian zygote is linked with epigenetic reprogramming."
Wossidlo M. , Nakamura T. , Lepikhov K. , Marques C.J. , Zakhartchenko V. , Boiani M. , Arand J. , Nakano T. , Reik W. , Walter J.
Nat. Commun.2:241-241(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"Reprogramming of the paternal genome upon fertilization involves genome-wide oxidation of 5-methylcytosine."
Iqbal K. , Jin S.G. , Pfeifer G.P. , Szabo P.E.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.108:3642-3647(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"Tet proteins can convert 5-methylcytosine to 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine."
Ito S. , Shen L. , Dai Q. , Wu S.C. , Collins L.B. , Swenberg J.A. , He C. , Zhang Y.
Science333:1300-1303(2011) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

"PGC7 binds histone H3K9me2 to protect against conversion of 5mC to 5hmC in early embryos."
Nakamura T. , Liu Y.J. , Nakashima H. , Umehara H. , Inoue K. , Matoba S. , Tachibana M. , Ogura A. , Shinkai Y. , Nakano T.
Nature486:415-419(2012) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]